淮安医院胃肠外科是淮安市临床重点专科，承担省市多项科研课题，获淮安市科技进步奖、新技术引进奖多项。

科室成熟开展了胃肠、甲状腺、乳腺常见良恶性肿瘤的规范化手术。2002年在淮安地区较早开展了贲门癌近端胃大部切除空肠间置双通道手术，低位直肠癌直肠全系膜切除手术、甲状腺癌颈部淋巴结清除手术、乳腺癌保乳根治术也颇具特色。从2014年起逐步开展了腹腔镜胃癌根治术、腹腔镜结直肠癌根治术、经腋窝入路腔镜甲状腺癌根治术、乳腺癌保乳根治术和经腋窝单孔腔镜乳癌根治术、腹腔镜肝癌根治术、腹腔镜胰十二指肠切除术、腹腔镜肝门胆管癌根治术、腹腔镜胆囊癌根治术、腹腔镜巨脾切除术、腹腔镜胰体尾切除术、腹腔镜腹膜后肿瘤切除术等多种四级复杂疑难手术。2019年在淮安地区率先开展经腋窝入路免充气腔镜下甲状腺切除手术，并在2020年获得淮安市新技术引进二等奖。同时还积极开展了腹腔镜残胃癌根治术和腹腔镜下近端胃癌根治空肠间置双通道手术以及腹腔镜结直肠癌的NOSE手术。在疝外科方面开展了腹腔镜腹壁疝无张力修补术和腹腔镜造口旁疝修补手术、腹腔镜食管裂孔疝修补手术。目前全腹腔镜胃癌和结直肠癌根治手术、经腋窝入路腔镜甲状腺癌根治手术、腹腔镜和胆道镜双镜联合手术已经成为淮安市技术先进领先手术。